南通创新区处于南通滨江城市格局的中心地带，占据“一主三副”空间结构主城区的中心位置，规划面积17平方公里，毗邻南通大学、南通中央商务区、国家级开发区、国家级高新区，与大学校区、产业园区、商务社区相得益彰。立足南通打造“长三角一体化沪苏通核心三角强支点城市”目标，创新区围绕“新一轮城市发展中心”战略定位，着力建设科技创新中心、金融商务中心、企业总部中心，域内科创、会展、文化、教育、医疗、健身、商业等功能加速完善，正成为南通城市功能强磁场、科技创新主引擎、融入苏南对接上海引领区。

科技创新中心是创新区的核心功能板块，占地近5平方公里，主要沿湖、沿森林公园布局，配套建设100多万平方米的人才公寓。紫琅科技城是科技创新中心的起步区，占地面积300亩，建筑面积近60 万平方米，分为科研（研究生培训基地）、企业研发中心（总部）及科技型企业、科技服务和商业配套四大功能组团。